Q1:oligo pool合成好后如何连接到相应的载体上?
A1:(1)设计引物对oligo pool进行PCR扩增,引物应选取保守区15-20nt;另外,在引物设计时,还要考虑与载体的连接方式,如果酶切连接则在保守区外加入相应的酶切位点及保护碱基即可,如果连接方式是同源重组,则找到保守区中的载体同源臂即可。同时,还要注意上下游引物的Tm值及长度不宜相差过大。
(2)酶切链接方式:对PCR回收产物及载体进行酶切,然后用T4连接酶进行连接;同源重组方式:用同源重组专用的酶进行连接,注意酶的使用温度(必要时可以借助PCR仪)。
Q2:如何最大可能的维持序列的均一性?
A2:在oligo pool合成过程中由于芯片载量是定数所以在有空余位置的情况下先成倍增加,剩余不足以重复一遍的情况下不要进行随机补充,尽量保持一致性;在PCR过程中引物是随机结合模板的,所以尽量降低循环数,避免因为反复循环导致一些条带的占比越来越大,形成冗杂;循环数降低意味着PCR产物会减少,所以为了保证建库的库容同时要增加PCR的体系。
Q3:oligo pool与Trimer codon技术的关联及核心优势是什么?
A3:Trimer Codon技术的核心优势在于,它使用三核苷酸(Trimer)砌块而非单碱基进行合成,从而能在基因文库构建中实现氨基酸水平的精准、高效、多样化的编程,这好比建筑时直接用“整块砖”(密码子)而非“散落的沙石”(单碱基)来砌墙,从根本上实现了对蛋白质序列的直接编辑。概括来说,Trimer Codon通过将合成操作的单位从“碱基”提升到“密码子”,在精准度、可控性和效率上实现了对传统方法的显著超越,这使其特别适用于蛋白质定向进化、抗体工程和酶优化等领域。而oligo pool的合成就是采用Trimer codon技术来进行合成的。其特色应用就是突变文库的构建。
Q4:卡梅德生物在oligo pool方面的研究有哪些?
A4:卡梅德生物在oligo pool的应用上目前有定制肽库的构建、scFv抗体、VHH抗体等突变文库的构建,除此之外还可以用来做定制适配体文库等。
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